치료는 특이한 원인이 잇는 경우에는 그 원인에 대한 분석에 의해 그에 적절한 조치를 해야 합니다. 일반적으로는 세 단계에 걸쳐 치료를 합니다. 첫번째로 해야 할 것은 항문, 직장에 꽉 찬 변을 제거를 해주어야 합니다. 경구용 약제나 관장으로 제거해줍니다. 다음으로 유지요법과 행동치료로 적절한 양의 약물과 음식물 섭취, 생활습관 등을 고쳐나가면서 변을 잘 볼 수 있도록 지속해 나가는 것입니다. 이러한 변비치료는 수 개월 길게는 1년 이상 걸리며, 부모들이 임의로 약제를 중단하거나 줄이는 시도 때문에 재발을 하는 경우가 대부분을 차지합니다.